西元1999年，一颗不明巨大流星坠落地球，调查证实为外星宇宙船。为修复并掩盖真相，世界强国组成统合政府，将其改造为全长1200米的超大型主力战舰“马克罗斯”。多年后，统合战争爆发。一条辉、林明美与早濑未沙等人在战火中登上马克罗斯。一次意外启动超空间跳跃，整座城市被传送到冥王星轨道，从此踏上漫长归途。面对杰特拉帝人的疯狂追击，他们依靠变形战机与歌声的力量，在宇宙中挣扎求生。林明美的歌声成为扭转战局的关键，也引出了文化冲击与和平的可能。这是一部融合机甲战斗、三角恋情与音乐力量的科幻史诗。