《妖精的旋律》以血腥开场揭开序幕：研究所中，头生双角、能释放无形念力利手的变异少女露西，在暴走屠杀警卫后逃出，头部中弹昏迷，被海边偶遇的少年耕太和表妹由香带回家中照顾。失去记忆的露西仅保留幼儿般的言行，被称为“妮悠”，却在危险降临时展露惊人的杀意。随着剧情推进，研究所派出特种部队与另一变异体追踪露西，而耕太与露西的过去逐渐浮出水面——两人童年曾在孤儿院相识，露西因受欺辱而觉醒杀戮本性，耕太目睹她杀害家人后成为唯一无法原谅她的人。故事通过猎奇血腥的暴力场景，探讨孤立、仇恨与救赎的主题。露西在妮悠人格与本性的撕裂中，逐渐学会爱与信任，却不得不在逃亡中面对自己的罪孽，最终以牺牲自我来换取重要之人的安宁。