继承第一季的结局，火星与地球的停战协议因公主遇刺而破裂，地球军与火星骑士陷入全面冲突。苏醒的艾瑟依拉姆公主决心以自身意志终结战争，却遭遇火星内部激进派的背叛与地球联合军的猜疑。界冢伊奈帆凭借冷静的战术头脑与Aldnoah驱动能力的运用，驾驶橙色机甲在战场上屡次挫败火星骑士的压倒性武力；斯雷因则从忠仆沦为帝国军指挥官，在忠诚与理想之间反复挣扎，最终走上与伊奈帆正面相对的道路。本季剧情聚焦两位主角理念的激烈碰撞：伊奈帆守护地球的秩序与和平，斯雷因则试图借火星帝国的力量重塑世界。随着火星轨道骑士团的阴谋浮出水面，公主的真实身份与Aldnoah的起源被逐步揭开。结局中，两人在最终决战中各付出惨痛代价，以公主的牺牲性宣言唤醒了火星人民，终结了持续数百年的仇恨循环。全篇以高密度机甲战斗、政治博弈与人物宿命感著称，音乐与演出的悲壮色调直指战争之殇。