世界曾因不明原因而灭亡，传说中名为“Y”的时钟技师用巨大的时钟装置将地球重新构筑，使人类得以延续。然而，这个精密世界正逐渐失控，潜藏着致命的隐患。吊车尾高中生见浦直人偶然解开了自动人偶琉珠的封印，并获得了操纵“世界时钟”的特殊能力。琉珠是“Y”留下的最高杰作，拥有超乎常人的战斗力与毒舌性格。两人随后结识了天才时钟技师玛丽，并因一次意外被卷入国家间的阴谋与遗产争夺中。随着真相层层揭开，直人意识到世界再构筑背后的残酷真相——为了维持运转，世界正在不断牺牲着什么。面对失控的齿轮机构与来自过去的恶意，直人、琉珠和玛丽必须携手修复崩坏的时钟，寻找拯救世界的答案。在倒计时般的命运中，一场关乎人类存续的激战悄然展开。