《星际旅行：原初第三季》作为该剧的最终季，共播出24集，于1968年9月至1969年6月在美国NBC电视台首播。本季延续了前两季的冒险基调，柯克舰长率领进取号船员深入银河系未知领域，遭遇了包括与邪恶复制体“柯克”的决斗、时间旅行到1930年代地球，以及因基因改造而产生超级人类等经典事件。本季中，斯波克与阿姆布里斯星的爱情故事进一步揭示瓦肯人的情感本质，而麦考伊医生的毒舌与智慧依然是船员间的调和剂。制作层面，本季因预算缩减，部分场景重复使用，但编剧在科幻外壳下融入冷战反思、种族平等、环境保护等现实议题，使作品超越时代。剧集虽因收视率波动而落幕，却通过后续动画版与电影系列重新焕发生机，成为科幻文化的重要基石。第三季中《花园里的野兽》《普拉修斯的孩子》等集数被影迷奉为经典，其大胆的思想实验与角色深度至今仍被反复探讨，巩固了《星际旅行》作为人文科幻巅峰的传奇地位。