《神盾局特工第三季》紧接第二季结尾，科尔森成为神盾局局长后，着手重建组织并招募新成员。本季核心围绕异人族展开，黛西·约翰逊（震波女）逐渐接受自己的超能力，并领导秘密勇士小队。与此同时，一个古老的异人族——蜂巢，从外星巨石传送门中回归，企图控制所有异人。菲兹冒险穿越传送门救回西蒙斯，两人感情在生死考验后更加坚定。麦克、芭比和亨特等成员也面临各自抉择，芭比与亨特最终离开神盾局。九头蛇残余势力与蜂巢结盟，沃德被蜂巢寄生后成为其宿主，令团队陷入痛苦对抗。本季结尾，林肯为消灭蜂巢牺牲自己，黛西选择离开神盾局，为后续故事埋下伏笔。