第六季延续第五季末的惊变，佐德将军萨德在氪星毁灭前将意识植入莱克斯体内，借其躯体获得超能力，并向地球释放致命病毒，引发全球混乱。克拉克必须阻止萨德的阴谋，却因病毒与父母、拉娜、克洛伊等人的处境陷入两难。与此同时，莱克斯在萨德的影响下日益偏执，他对克拉克的怀疑不断加深，两人关系走向决裂。本季还引入了正义联盟的初步线索，克拉克联手巴特·艾伦、维克多·斯通等年轻英雄，共同应对银河系威胁。萨德的真面目逐渐揭露——他试图将地球改造为新的氪星，而克拉克也面临最艰难的选择：是否要接受自己作为氪星后裔的身份，并直面终极宿敌。一场融合动作、情感与道德抉择的史诗旅程就此展开。