《石纪元 第三季》承接前作，全人类被神秘现象瞬间石化后过了几千年，拥有超人般头脑的天生科学少年千空苏醒。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。本季中，千空与科学王国伙伴为探明石化现象的真相，决定建造船只横渡海洋，前往石化发源地。他们面对资源匮乏、强敌环伺与自然险阻，凭借科学智慧逐一攻克造船、导航、通讯等难题。旅程中，新的盟友与对手相继登场，围绕石化武器与复活液展开激烈争夺。千空以理性与勇气挑战未知，逐步逼近世界谜团的核心，开启波澜壮阔的航海冒险新篇章。