故事发生在一所名为“指轮学园”的精英学校，这里聚集了容貌与才能兼备的少年。某日，一位自称“美少年侦探团”团长的神秘人物——双头院学，向校内三位著名美少年发出邀请，共同解决一桩离奇事件。这三位少年分别是拥有绝对逻辑思维、却对“美”有着病态执着的怪盗绅士·咲宫伊智丸；天生拥有读心能力、却总以毒舌掩饰内心的冷酷少年·袋井满；以及出身武术世家、行动力超群的天然热血少年·足利飙太。随着调查深入，他们遇到了神秘而优雅的委托人·瞳岛眉美，并卷入了一场围绕“幻之宝石”展开的阴谋。案件背后，竟牵涉到学园创始人埋藏的惊天秘密，以及一个被称为“美少年”的古老传说。侦探团成员们在一次次交锋中，不仅揭开了案件的真相，也逐步正视自己内心对“美”的追求与定义。他们用智慧与勇气，对抗着试图将世界变得丑陋的敌人，在华丽与惊险交织的冒险中，书写属于少年们的青春篇章。