《小小克星！EX》以原作游戏中的“EX篇”内容为核心，在保留TV版主线“Little Busters”成员间深厚友情的基础上，补充了多条隐藏角色路线。故事围绕主角直枝理树与身穿猫耳斗篷的神秘少女朱鹭户沙耶展开，她自称是“世界的秘密”守护者，实则隐藏着悲伤的过去。同时，三枝叶留佳与二木佳奈多的姐妹纠葛、能美·科多缭卡与佐佐美之间的互动日常，也为作品增添了更多温暖与感伤。动画通过日常的嬉戏打闹与突如其来的危机，逐步揭示世界背后隐藏的真相。随着“世界秘密”的浮现，Little Busters的成员们面临着关于时间、记忆与离别的终极考验。本作在延续原作催泪风格的同时，强化了悬疑氛围与角色内心描写，以细腻的笔触展现了“友情可以超越一切”的核心主题。