故事发生在Amazon生态系统彻底崩溃后的东京。作为“野生”象征的假面骑士Amazon Omega——水泽悠，与代表“人类秩序”的假面骑士Amazon Alpha——鹰山仁，在理念上彻底决裂。悠试图寻找人与Amazon共存的可能，而仁则坚持将所有Amazon消灭殆尽。与此同时，政府与制药公司联手展开最后的清剿行动，新的Amazon也陆续出现，将世界卷入更大的混乱。在这场没有对错的战斗中，两人被迫面对彼此共同的过去。悠与仁之间亦敌亦父子的复杂羁绊，在一次次血肉横飞的搏杀中被推向极致。最终决战中，Omega与Alpha以最原始的野兽姿态互相撕咬，而“最后的审判”并非裁决谁更正义，而是让两人重新审视“活下去”的意义。影片以高密度动作场面和沉重道德拷问收尾，为《假面骑士Amazons》的黑暗物语画上句号。