《假面骑士Amazons第二季》的故事发生在第一季结束的五年后。Amazon几乎被彻底驱除，世界表面恢复了和平，但东京的角落里，普通人类因Amazon细胞而“Amazon化”的事件却日益增多，且逐渐失控。为此，政府秘密组建了专门组织“4C”，以非公开的手段对Amazon化的人类进行强制清除。主人公之一水泽悠（现为仁叔所追杀的谜之存在）与曾经并肩作战的鹰山仁再度相遇，却已站在了敌对的立场。新登场的女性角色·片冈美月，作为4C的成员，怀抱着对Amazon的憎恨与自身的复杂身世，在追捕中逐渐卷入更深层的阴谋。本季延续了前作黑暗、血腥的风格，更深入探讨了“何为人类”“生命的尊严”等命题。Amazon化的普通人究竟是威胁还是受害者？假面骑士Amazons又该为何而战？在生存与毁灭的边缘，所有人的命运都将迎来更残酷的考验。