夏目智春在高中入学之际独自搬到兄长的宿舍，然而他并非普通少年——自幼青梅竹马的水无神操绪已化作幽灵依附在他身上。某天，智春偶然触碰了宿舍地下封印的魔导机“机巧魔神”黑铁，被迫卷入与异世界“机巧”相关的战斗。随着同伴的聚集，包括学生会成员、神秘巫女与冷酷的对手，智春逐渐发现，机巧魔神的力量并非免费，每一场战斗都伴随着代价。而操绪幽灵形态的背后，隐藏着关于牺牲与轮回的沉重秘密。当校园日常被血色侵蚀，少年少女们的羁绊与抉择将决定世界的存亡。